Самый мягкий способ - как можно чаще общаться с крысой и брать на руки, носить на руках, на плече, за пазухой - вынимай из домика и носи в руках.
Если крыса кусает руки и делает больно - переворачивай. Это нормально для нее - это понятно.
Что же о пугливости - от громких резких звуков, движений - это совершенно нормально для крыс, они многие всего неожиданного боятся. Постепенно, конечно, привыкают, наглеют, перестают так бурно реагировать - но остаются острожными.